当蛋白与DNA结合时，导致DNA弯曲以适合与蛋白表面的化学基团发生作用，这种由蛋白诱导的DNA弯曲可以通过DNA蛋白总物在聚丙烯酰胺凝胶电泳中的迁移率变化检测到，弯曲DNA的迁移率依赖于在溶液中其回转时两个末端的平均距离。DNA弯曲得越厉害，两个末端间的平均距离越小，迁移就越慢，如果在DNA上有两个扭曲的位点，则端到端的距离决定于两个扭曲是同向或是反向(如图13-3-36A)。 已知，CAP与其调控位点的DNA结合时，使DNA产生了近90°的弯曲，你想知道弯曲处的结构细节，例如，CAP结合位点中心的DNA弯曲导致DNA螺旋的小沟在内侧，还是相反，大沟在内侧。为了回答这个问题，准备两种构件(图13-3-36B所示)，在第一个构件中，两侧是CAP结合序列，中央区域可插入长度10～20bp的DNA系列中的一个片段。另一个构件中，一边是CAP结合区，另一边是一个(A 5 N 5 ) 4 序列。已知这个结构弯曲时，大沟在内侧，现在检测构件及没有插入的相关DNA的迁移率，以相关的迁移率对弯曲中心之间的核苷酸作图(如图13-3-36D)，由于CAP结合，使DNA弯曲。