某事业单位(以下称招标单位)建设某工程项目，该项目受自然地域环境限制，拟采用公开招标的方式进行招标，该项目初步设计及概算应当履行的审批手续，已经批准；资金来源尚未落实，有招标所需的设计图纸及技术资料，考虑到参加投标的施工企业来自各地，招标单位委托咨询单位编制了两个标底，分别用于对本市和外市施工企业的。招标公告发布后，有10家施工企业做出响应。在资格预审阶段、招标单位对投标单位的机构和企业概况、近2年完成工程情况、目前正在履行的合同情况，资源方面的情况等进行了审查。 某投标单位收到招标文件后，分别于第5天和第10天对招标文件中的几处疑问以书面形式向招标单位提出。招标单位以提出疑问不及时为由拒绝作出说明。投标过程中，因了解到招标单位对本市和外省市的投标单位区别对待，8家投标单位退出了投标。招标单位经研究决定，招标继续进行。剩余的投标单位在招标文件要求提交投标文件的截日前，对投标文件进行了补充、修改。招标单位拒绝接受补充修改。招标单位拒绝接受补充，修改的部分。 问题：该工程项目施工招投标程序在哪些方面不正确？应如何处理？（请逐一说明）